Жена меняет российский паспорт из-за смены фамилии(по замужеству). Меняет не по месту жительства, а в Москве.

Ну во-первых, можно обратиться в то же отделение ФМС, где Ваша жена меняла паспорт и, написав заявление о проставлении в паспорт штампа о регистрации по месту жительства, отдать паспорт вместе с этим заявлением. И тут тупо ждать. Во-вторых, если не жаль времени и денег, можно с новым паспортом съездить в город, где прописана жена и поставить штамп о прописке в тамошнем ФМС. Это может сделать либо Ваша супруга, либо иной гражданин, но при наличии у него доверенности, заверенной нотариусом на такое действие. Предупреждаю, паспортники не любят всякие там доверенности. А пожаловаться,,, Ну пожалуйста: 1 в вышестоящее подразделение ФМС России (Управление ФМС по г. Москва), 2 в прокуратуру того района, где находиться отдел ФМС, выдавший "недоделанный" паспорт, с просьбой привлечь должностное лицо предоставившее Вам государственную услугу не в полном объеме в соответствие со ст. 5.59 КоАП РФ