2 тупых вопроса про прописку/регистрация.

У вас постоянное место проживания в неком жилом помещении в орле (то, что вы называете "штамп в паспорте"), насколько это можно понять.
при этом вы временно там отсутствуете, ибо пребываете в спб (работа, например, или учеба...) где совершенно правильно и зарегились по месту пребывания (то, что вы называете " бумажка с временной регистрацией") в неком жилом помещении (жилое помещ. по дог. найма например), в кот. фактически вселились и проживаете.
вы все правильно сделали.
вам не нужно сниматься с регистр. учета по месту жительства из жилого помещения в орле.
вот если вы смените место жительства, окончательно в спб переселитесь, например купите жилое помещение в собственность, в нем и зарегитесь по месту жительства, при этом вас снимут с регистрац. учета по месту жительства в жилом помещении в орле.
---------
т. е можно быть зарегенным по месту жительства в одном жилом помещении
и при этом одновременно быть зарегенным по месту пребывания в др. жилом помещении.
отсюда и ответы на ваши вопросы:
1. нужно зарегиться по месту пребывания, если более 90 дней.
2. не нужно при этом сниматься с рег. учета по месту жительства.