Получил гражданство, сделал временную прописку, но не успел встать на военный учет... вопрос

Можно, оформляете рег-ию по новому месту пребывания (старая при этом автоматически снимается). желательно на долгий срок-от 6мес и более, т. к. с миним регистрацией обычно военные не желают заморачиваться, зависит от местного военкома.
с ней являетесь и встаете на учет. постановка на учет и призыв в вс рф актуальны только для граждан рф, имеющих пмж в рф, при кратковременной регистрации и отсутствии постоянной в рф, даже на учет не поставят, но вам проще, у вас призывной возраст истек.