Подскажите, законно ли, что уфмс отказывается проводить регистрацию по нотариально доверенности собственника.

Если в этой доверенности указана передача собственником полномочий своему представителю на регистрацию по месту жительства или пребывания, то такое полномочие неправомерно, потому что действующее законодательство не предусматривает представительства в сфере регистрационного учёта граждан, требующего их личного присутствия!
толковать законы вправе только суд, поэтому, если вы полагаете отказ органа регистрационного учёта не законным и нарушающим права представляемого и представителя, тогда обжалуйте его в судебном порядке, и суд "скажет своё слово"!