Предположим паспорт и загранпаспорт с разными подписями. будут ли из-за этого проблемы/сложности?

Расписывайтесь, как хотите, главное, чтобы это была именно ваша подпись и в случае надобности могли сами ее признать. там где оставляли образец своей подписи, так и должны расписываться, например, в банке, в остальных документах такой необходимости нет.