Что это за заявление для загранпаспорта?

Вы фразу до конца дочитали? "в случае необходимости внесения сведений о владельце паспорта нового поколения буквами латинского алфавита в соответствии с представленными документами. " например, вы зайцева - в старом паспорте zaytseva и в других документах так же, а по новым правилам транслитерации в новом паспорте должно быть zaitseva, из-за этого могут потом быть проблемы, вот вы и пишете заявление, чтобы вам оставили написание как в других документах.