Будет ли считаться просроченной регистрация, если мы с мужем жили в новостройке.

Немного непонятная ситуация …
квартиру вы купили в "новостройке", т. е. у застройщика по договору участия в долевом строительстве? и ваш мкд в эксплуатацию был уже введен? а квартиру застройщик передал по 2-х стороннему акту?
тогда (хотя гос. регистрация вашего права собственности еще и не произведена) вы полноправный владелец этой квартиры, правомерно в ней проживающий и законопослушно исполняющий свою обязанность по внесению платы за жил. помещение и коммунальные услуги – согласно п. п. 6 п. 2 ст. 153 жк рф:
а в это случае вы были обязаны подать документы на регистрацию по месту жительства в пределах рф не позднее 7-ми дней со дня вселения – ст. 6 закона рф от 25.06.1993 n 5242-1 "о праве граждан рф на свободу передвижения, выбор места пребывания и жительства в пределах рф" и п. 16 "правил регистрации и снятия граждан рф с рег. учета … по месту жительства… ", утв. постановлением правительства рф от 17.07.1995 n 713.(ред. от 15.08.2014).
т. е. у вас было (zheke горячий прюветик! ) - и право на регистрацию, и что хуже, обязанность регистрироваться. . .
так что наложение на вас штрафа, увы, но не исключено:
или по п. 1 ст. 19.15.1. коап рф за "проживание гражданина рф по месту пребывания или по месту жительства в жилом помещении без регистрации …свыше установленных законом сроков";
или по п. 1 ст. 19.15.2. коап рф за "нарушение правил регистрации гражданина рф по месту пребывания или по месту жительства в жилом помещении… ".