Написание букв е без точек и е с точками в документах

Если в вашем свидетельстве о браке в фамилии было ё - вам в соответствии с этим свидетельством в паспорте тоже написали фамилию с ё. если я правильно поняла, то фамилия с ё у вас возникла только после вступления в брак, т. е. это - фамилия вашего мужа.
теперь о том, что делать.
1. ваш муж обращается в загс по месту жительства, несет с собой следующие документы (все, что есть; если есть не все - то пусть идет с теми, которые есть в наличии) : свой паспорт, свидетельство о рождении свое, ваше свидетельство о браке, свидетельства о рождении ваших детей от этого брака. и очень желательно - свидетельство о рождении отца вашего мужа и свидетельство о браке родителей вашего мужа (если в их семье фамилия передалась ему от его отца) .
2. в загсе все эти документы анализируют, заводят дело на внесение исправлений, устраняют имеющиеся разночтения в документах, приводят их все либо к ё, либо к е (исходя из того, как именно писалась данная фамилия в самой старой по времени актовой записи) .
3. после этого (если вам поменяют св-во о браке на е) - вы идете в фмс и меняете паспорт в соответствии с этим св-вом, чтобы он тоже был через е.
подробно вам все в загсе объяснят. потому что ваша ситуация - совершенно не уникальная, а очень даже типичная. не паникуйте, все у вас сложится.