Оформление документов за третиьх лиц через госуслуги

Все, что делать на портале нельзя, блокируется самой системой. если система принимает запрос на оформление документов на третьих лиц - значит можно. в принципе, это допускается по крайней мере для членов семьи (оформление документов детям и т. п. )
другое дело, что вы имеете полное право отказать начальнику в использовании вашего личного идентификатора в служебных и иных целях, не связанных с вашим личным участием или участием членов вашей семьи.