В паспортном столе(по новому месту) паспортистка отказывает прописывать супругу

А с чего вы взяли, что паспортистка может вообще кого то прописывать? Прописка вообще отменена в РФ с 1993 года, а регистрацией граждан занимается территориальный орган УФМС РФ. Паспортистка всего лишь обязана принять документы и отнести их в УФМС. Пишите жалобу в прокуратуру и ФМС, пусть ее привлекают по ст. 19.15 ч.2 КОАП РФ