Законен ли отказ паспортиста поставить штамп прописки при первом получении паспорта без приписного свидетельства

Незаконно. Вашему сыну могут только предложить зайти в военкомат и встать на воинский учет. Также должны дать адрес военкомата. Паспортисты и не ставят эти штампы. Они вообще не имеют права делать какие-либо отметки в паспорте, т.к. являются сотрудниками паспортных столов. Паспорта оформляются в подразделениях УФМС, вот туда и идите за штампом.